Aunque podemos suponer que los distintos pueblos que habitaron la Península Ibérica en la Antigüedad utilizaron algún tipo de enseña para identificarse, no tenemos constancia documental de este hecho. En cuanto al periodo de dominación romana, resulta evidente que las legiones trajeron a nuestro suelo las insignias (aquilae, signa, vexilla) que guiaron todas sus conquistas, y los visigodos debieron continuar usándolas, ya que San Isidoro las menciona al hablar de los ejércitos de su tiempo.

Fueron los árabes quienes introdujeron en la Península las banderas tal y como hoy las conocemos, es decir, como piezas de tela fijadas a un asta desde el que ondean perpendicularmente. A menudo, asociaron un determinado color con una determinada dinastía, como el blanco de los Omeyas y Almohades, o el verde de los Fatimidas.

Durante la Reconquista, los cristianos fueron abandonando las insignias heredadas de romanos y visigodos y adoptando paulatinamente banderas al estilo de sus enemigos musulmanes, con la diferencia de que sobre los paños colocaron las mismas figuras y colores que en sus escudos. Así, en las banderas de los monarcas de los distintos reinos peninsulares comenzaron a aparecer desde mediados del siglo XII unos colores y emblemas que se repetirán a lo largo de los siglos siguientes: los castillos y leones de Castilla y León, las barras catalanoaragonesas, las cadenas navarras... En el siglo XIII, la diversidad de las banderas que se usaban era tan grande que Alfonso X el Sabio se vio obligado a reglamentar su forma, denominación y uso en Las Siete Partidas.

Alfonso XI, rey de Castilla y de León (1311-1350), instituyó la Orden de Caballería de la Banda, iniciando el uso de un guión o pendón con la divisa de esta orden como enseña personal. Sus sucesores, hasta Carlos V, continuaron esta costumbre, con lo que esta enseña se convirtió en privativa de los monarcas, indicando claramente la separación de divisas entre el monarca (la banda) y el reino (castillos y leones). El General Franco resucitaría esta enseña como estandarte personal tras la Guerra Civil.

Los Reyes Católicos usaron el guión de la Banda de Castilla, adornado con yugos y flechas, las iniciales de sus nombres y la célebre leyenda de tanto monta, monta tanto. Pero las banderas seguían sin tener carácter nacional, y los ejércitos españoles combatieron bajo estandartes con los colores heráldicos de sus capitanes respectivos.

La boda de Juana La Loca con Felipe el Hermoso supuso la introducción en España de un emblema que perduraría hasta nuestros días: la cruz de Borgoña, originaria de este ducado francés, con su característico diseño que representa dos troncos de árbol cruzados en X y mostrando los nudos o arranques de las ramas cortadas. Su representación más frecuente era en color rojo, generalmente sobre fondo blanco o amarillo.

El espíritu reformista que animaba a la dinastía borbónica a partir de 1700 se tradujo en el terreno de las banderas en una completa reorganización y regulación, imponiéndose como norma general el color blanco, considerado como el propio de la Casa de Borbón, sobre el que unas veces figurará la Cruz de Borgoña, otras el escudo real y también ambos emblemas combinados, a menudo acompañados de otros (castillos, leones, escudos de ciudades, etc.).

A finales del siglo XVIII distintas ramas de la Casa de Borbón reinaban en Francia, España, Nápoles, Toscana, Parma y Sicilia, de modo que las banderas de estos reinos, teniendo en común el color blanco, sólo se distinguían unas de otras por el escudo. Ello producía confusiones en la mar, a veces graves, de modo que en el año 1785 el rey Carlos III tomó la decisión de adoptar una bandera para los buques españoles que fuera fácilmente distinguible en la distancia. Su ministro de Marina, Antonio Valdés, le presentó una docena de diseños, y el rey eligió la forma y colores de la que hoy conocemos como bandera de España.

Es interesante transcribir el real decreto que aprueba dicha bandera: "Para evitar los inconvenientes y perjuicios que ha hecho ver la experiencia puede ocasionar la bandera nacional de que usa mi Armada Naval y demás embarcaciones españolas, equivocándose a largas distancias o con vientos calmosos con las de otras naciones, he resuelto que en adelante usen mis buques de guerra de bandera dividida a lo largo en tres listas, de las cuales la alta y la baxa sean encarnadas y del ancho cada una de la cuarta parte del total, y la de en medio amarilla...". El mismo texto designaba una bandera distinta para los buques mercantes, con cinco fajas, tres amarillas y dos rojas, alternadas en el tejido, modelo que estaría en uso hasta 1927.

Se ha especulado mucho sobre los motivos que llevaron a Carlos III a elegir estos colores, y se han buscado explicaciones simbólicas, como que el amarillo representa el oro del Imperio y el rojo la sangre derramada en defensa de la nación. También se ha afirmado, con bastante más fundamento, que el rey tenía presente que el rojo y el amarillo son los colores dominantes en los escudos de Castilla, Aragón y Navarra, y se ha sugerido que el modelo elegido suponía una combinación de los colores aragoneses con el escudo castellano. Pero de lo único que tenemos constancia es de un motivo de índole práctica: el de que la bandera pudiera ser distinguida de lejos.

Durante los turbulentos tiempos de la Guerra de la Independencia y del reinado de Fernando VII (1814-1833) la confusión y otras circunstancias impidieron la unificación de las enseñas, y cantidad de unidades, guerrillas y fuerzas voluntarias adoptaron banderas de diseño propio, con insignias y motivos religiosos, frases patrióticas y dibujos regionales. Sin embargo, los colores rojo y amarillo se fueron imponiendo como los representativos de la nación española.

El momento de la unificación llegó, finalmente, con el Real Decreto del Gobierno provisional de 13 de octubre de 1843. El decreto expone la necesidad de suprimir las diferencias entre la bandera nacional y las particulares de los cuerpos del Ejército, y añade que "las banderas y estandartes de todos los cuerpos e institutos que componen el Ejército, la Armada y la Milicia Nacional, usarán iguales en colores a la bandera de guerra española, y colocados éstos por el mismo orden que lo están en ella".

De este modo, la bandera rojigualda pasaba de ser exclusiva de la Marina de Guerra a ser común para todas las fuerzas armadas, a la vez que recibía el reconocimiento oficial de bandera nacional.

Sin embargo, a lo largo del siglo XIX fue surgiendo entre algunos círculos republicanos la idea de que la bandera rojigualda era el símbolo de la Monarquía, y comenzaron a propugnar una enseña alternativa que, en su opinión, representaba de modo más cabal a todos los pueblos de España. Esta bandera añadía al rojo y al amarillo el morado, considerado (erróneamente) como el color del "Pendón de Castilla". A pesar de ello, la proclamación de la Primera República no supuso un cambio en la bandera nacional, que siguió siendo la bicolor, aunque al escudo se le suprimió la corona real. La situación continuó igual con la Restauración, con la lógica reposición de la corona del escudo.

El 14 de abril de 1931 se proclamaba de la Segunda República, y trece días más tarde el Gobierno Provisional promulgaba un decreto que determinaba en su artículo 1º la adopción como bandera nacional de la formada "por tres bandas horizontales de igual ancho, siendo la roja la superior, amarilla la central y morada oscura la inferior", una disposición ratificada posteriormente por la nueva Constitución. La vigencia oficial de esta bandera concluyó con la derrota de la República en 1939, pero la oposición al régimen de Franco siguió considerándola como la auténtica bandera española, y aún hoy sigue siendo así para una parte de los españoles.

El levantamiento militar del 18 de julio de 1936 recuperó la antigua bandera bicolor, aunque durante los dos primeros años los sublevados mantuvieron el escudo republicano, rematado por corona mural. A partir de entonces y hasta nuestros días, la bandera nacional española no ha sufrido más cambios que los derivados de los diferentes diseños del escudo. Éste tuvo como característica preeminente entre 1938 y 1981 la figura del águila de los Reyes Católicos, adoptándose distintas variaciones en los años 1938, 1945 y 1977.  

La Constitución Española de 1978, estableció, en su Artículo 4º. 1: "La bandera de España está formada por tres franjas horizontales, roja, amarilla y roja, siendo la amarilla de doble anchura que cada una de las rojas", mientras que la aprobación, el 5 de octubre de 1981, del nuevo modelo de escudo supuso la culminación del proceso que ha dado forma a la enseña que actualmente representa a la nación española.